工业上采用生物氧化(浸出)工艺处理目的矿物的方法主要有以下几种:搅拌氧化、堆乒、槽浸、废石堆浸、就地溶浸·
搅拌氧化〔浸出)
采用针对生物氧化过程制作的带搅拌和充气装置的槽子作为反应器，对目的矿物进行氧化。该种方式投资高，成本高，要求控制水平高，操作难度大，但是同另外几种氧化方式相比较，该种方式效率最高，综合效益好。因此，该种方式适用于经济价值高的金属的回收。到目前为止，该种方式在工业上的应用仅限于难处理金精矿的生物氧化预处理和钻精矿生物浸出提取钻。对铜精矿的生物搅拌浸出，目前已进人工业试验阶段。
原矿堆浸(氧化)
对破碎后的原矿堆浸或制粒堆浸，对目的矿物进行氧化。该种方式投资少，成本低，适用于对品位较低的原矿中的有用金属的回收，但其对有用金属的回收率较低。堆浸方式是目前应用规模最大的浸出方式，特别在原矿品位较低的硫化铜矿石的回收上大都采用了堆浸方式。此外，目前世界上唯一的一家对原矿采用生物氧化预处理提金的矿山—Newmont矿山公司也是采用了堆浸方式，而目前GeoBiotics生物氧化工艺也是采用将精矿包裹到均匀粒状载体表面堆浸的方式处理含砷金精矿。
槽浸
槽浸是将被浸的物料在处理过程中部分或全部浸没子溶液中，从而使有用金属浸出的方式。该种方式主要用于处理以前的选矿的尾矿，这些尾矿中所含的有用金属在当时或是由于技术原因，或是由于经济上的原因而没有被回收，现在却可以经济地回收。由于生物氧化对环境的要求，生物氧化槽浸只能处理这些尾矿中的粗砂部分，以便于氧化条件的控制。
废石堆浸
废石堆浸是指有用金属含量非常低的采矿废石堆浸，即使不人工利用，自然条件也会使其产生生物氧化，产生酸性废水并危害环境。废石堆浸方式基本与原矿堆浸相同，但原矿堆浸需倒堆，而废石堆浸不必倒堆。如我国的德兴铜矿即利用生物浸出技术，采用堆浸来处理露天剥离出的含铜废石(含铜0.O9%)
就地溶浸
采用生物浸出方式就地处理破碎过的矿石而不必把开采的矿石运到地表进行处理，但此种方法只适用于矿体下面有天然的不透水层、无严重破碎及断层的场合，以避免溶液中的有用金属泄漏损失或溶液中的有毒物质污染地下水。该方式有利于即将开采完的老矿山。如我国的中条山金属公司即采用了就地溶浸方式回收铜。