细菌在长期的进化过程中，形成了一套严密、精确、灵敏的代谢调节体系。细菌的新陈代谢过程错综复杂，参与代谢的物质也多种多样，即使同一种物质也会有不同的代谢途径，但细菌的代谢调节体系能够严格地控制代谢活动，使其有序而高效地运行，并能灵活地适应外界环境，关键在于其体内的调节蛋白(Regulatory proteins)和代谢酶(Metabolic enzymes)。当外界的环境发生变化时，通过调节蛋白调节控制代谢酶的合成速度，从而控制细菌的代谢速度以适应外界环境的变化。
在细菌氧化过程中，随着矿浆中硫化矿物成分的变化，细菌会通过自身的代谢调节体系不断地调节代谢功能以适应氧化环境的变化。
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