从上面的讨论可知，需氧矿质化能自养菌的特性决定了它们可以氧化含有Fee+或还原硫(包括硫化物、二硫化物及砷硫化物)的矿物。此外，被氧化的矿物的氧化产物(如Fe3+或硫酸)可以用来溶解同时存在于矿石中的次级矿物，从而使得那些能被酸或Fe3+溶解，或能被两者的反应剂溶解，但不含Fe2+也不含还原硫的矿物也有可能被生物氧化处理。在这种情况下，被氧化的矿物中需要存在或加人足够量的黄铁矿或一种可替代的含Fee+及硫的矿物。因此，生物氧化工艺基本可以分为金属解离氧化工艺、原生矿物氧化工艺和次生矿物氧化工艺3种类型。
(1)金属解离氧化工艺。采用细菌对载体矿物进行氧化，使其中被包裹的有价元紊裸露出来，易于下一步作业回收。如对包裹金(或银)的各种载体矿物进行氧化及溶解的过程，使其中的金(或银)解离出来易于回收。
(2)原生矿物氧化工艺。采用细菌对原生硫化矿物氧化及溶解的过程，使其中的金属组分被回收。如黄铜矿、硫钻矿、闪锌矿等的生物浸出则为原生矿物的氧化。几
(3)次生矿物溶解工艺。采用细菌对次生矿物(氧化物及碳酸盐)氧化及溶解，通过对黄铁矿，或是类似的含铁及含硫的矿物的初级氧化以提供可以溶解金属的Fe3+及硫酸溶液。如对铀矿中铀的回收，即是通过铀矿中存在的(或加人的)黄铁矿被细菌氧化产生硫酸及Fe3+，然后，硫酸溶解含铀酞离子的矿物，Fe3十使铀的氧化物氧化(U4+氧化为U6+ )，使其易于回收。