细菌选矿又叫细菌浸出，它是利用某些微生物的催化作用，使矿石中的金属溶解出来。例如有一种叫硫氧化细菌，具有使元素硫氧化的能力，在溶液中能生成硫酸。又一种叫铁氧化细菌，它具有把FeSO4加速氧化为Fe2(SO4)3的能力，使溶液中的Fe2(SO4)3含量大大增加。而H2SO4及Fe2(SO4)3溶液都是硫化矿及其他矿物的有效溶剂。
例如：在多金属硫化矿中一般都含有黄铁矿，在有水和氧存在的条件下，黄铁矿缓慢氧化，并生成FeSO4与H2SO4，其反应式为：
化学作用：2FeS2+7O2+2H2O ————→2FeSO4+2H2SO4
铁氧细菌在有氧与硫酸存在的条件下，则用极快的速度把FeSO4氧化成Fe2(SO4)3，其反应式为：
细菌作用：2FeSO4+H2S04+1/2O2————→Fe2(SO4)3+H2O
Fe2(SO4)3能把矿物中的金属溶解出来，例如对辉铜矿作用时，能生成CuSO4、FeSO4及S，其反应式为：
Cu2S+3Fe2(SO4)3—→2CuSO4+4FeSO4+S
上式反应生成的FeSO4，可由铁氧化细菌进行再氧化，生成Fe2(SO4)3从而该反应在溶液中反复循环，浸出作用不断进行。如果溶液中有硫氧化细菌存在时，则会使反应生成的S被硫氧化细菌氧化生成H2SO4，这对矿石的浸出作用更为有效，其反应式为：
细菌作用：2S+3O2+2H2O ————→2H2SO4
细菌浸出的优点：(1)设备简单，操作方便，(2)适应于处理贫矿、废矿、尾矿及炉渣等，(3)可以综合浸出，综合回收多种金属，(4)目前对铜、铀的细菌浸出工艺比较成熟，并且铜的浸出液可以经萃取-电积法或铁置换-浮选法回收其中的铜。
细菌浸出的主要缺点是细菌的培养比较麻烦，浸出周期比较长。
国内有不少应用细菌选矿的实例，如广东某铜矿，安徽某铜矿老采区细菌浸出，湖南某铜矿等。现简介湖南某铜矿应用细菌浸出处理含铜尾矿的情况。
湖南某铜矿地表堆存着大量浮选尾矿与重选尾矿，浮选尾矿含铜0.11%~0.20%;重选尾矿含铜1.25%~1.50%，并且两种尾矿都含有稀有金属。
尾矿用细菌浸出的工艺流程如图7-7所示。由于尾矿粒度细，所以采用浸出池进行浸出。先加入酸，酸化水与矿石中的碱性脉石，待pH值达到2.0左右时，加入含菌高铁(Fe3+)的浸出液进行循环浸出，直至浸液的铜、稀有金属浓度很低为止。然后追加铜、稀有金属很低的细菌浸液，当浸出液浓度更低时，再水洗2~3天则可排料。
尾矿浸出时间为20天，浸出结果如表7-2所列。浸出液中的稀有金属经过吸附之后，尾液含铜约1.5~2.0克/升，采用铁置换法使铜沉淀为海绵铜，其化学反应式为：
Fe+CuSO4—→FeSO4+Cu↓
（1）置换液含铜愈高愈好，含铁应尽可能少，pH=1.8%~2.0;
表7-2， 尾矿细菌浸出的结果
| 浸出池编号 | 投料量（吨） | 硫酸耗量（公斤/吨） | 温度（℃） | 浸出周期 | 铜（%） | 稀有金属浸出率（%） | ||
| 原矿 | 浸渣 | 浸出率 | ||||||
| 1 2 3 | 100 100 100 | 34 32 30 | 25~35 25~35 25~35 | 27 18 28 | 0.81 1.25 1.51 | 0.17 0.48 0.44 | 79.02 61.60 70.86 | 86.4 51.85 80.37 |
（2）当溶液pH值在1.5左右，铜浓度在2~4克/升时，耗铁比为铜的2.0~2.5倍；当pH值在2左右时，铜浓度较高时，耗铁比为铜的1.5倍；
（3）铁置换时间，这与温度、废铁质量和数量、溶液酸度及置换方式等因素有关。一般在温度大于20`C，通气情况下，六小时可以置换完毕；
（4）置换后立即排放尾液，调节尾液中的Fe2+浓度和酸度，并返回细菌培养液使用。
主要技术经济指标：
（1）铜的总回收率70%~75%；稀有金属的总回收率75~80%；
（2）海绵铜品位60%~650%；
（3）每吨矿耗硫酸40%~45公斤；每吨铜耗铁为2.5吨；
（4）折算纯金属铜每吨成本2000元。