砷是难处理金矿石中最主要的影响因素。砷在地壳中的含量约为0.0002% (2ppm)，在自然界中主要以硫化矿或氧化矿形式存在，与生物氧化相关的主要是毒砂。砷有4种氧化态:+3,+5，-3,0，但在水溶液中只有As3+和As5+两种氧化态。在生物氧化过程中释放出的砷主要是As3+及As5+的氧化态以砷酸盐和亚砷酸盐的形式存在于溶液中。因此，毒砂、As3+和As5+是本节研究的重点。
含砷难处理金矿石中的含砷矿物一般为毒砂，与其关系密切的硫化矿物主要是黄铁矿、磁黄铁矿。而在生物氧化过程中，该3种矿物的反应均为需氧反应。其中，黄铁矿的氧化过程是唯一的需氧、产酸反应，毒砂、磁黄铁矿的氧化是需氧、耗酸反应，反应式如下:
这三种主要硫化矿物在生物氧化过程中被细菌氧化的顺序和速率是不同的，被细菌氧化的顺序首先是磁黄铁矿，其次是毒砂，最后是黄铁矿。
因此，在生物氧化过程中，给料中各种矿物的比例直接影响着生物氧化过程的稳定与否以及反应的进行方向和氧化速度。如果给料中含硫过低，需要添加硫酸，以提高溶液的酸度;如果含硫量过高，则需添加石灰石或石灰以降低酸度。一个更重要的原因是，由于砷在溶液中有As3+十和As5+两种存在形态，且每种存在形态对生物氧化过程的影响差异很大。研究已经证明，当生物氧化预处理过程的给料中毒砂和磁黄铁矿的含量增大时，氧化过程的氧化还原电位(瓜)就会下降，溶液中的Ag3+浓度则增高。研究表明，黄铁矿是决定生物氧化过程中砷的氧化状态的主要因素。